Działania ochronne w ramach projektu prowadzone były na terenie trzech Nadleśnictw: Czarna Białostocka, Knyszyn, Supraśl i obejmowały:
- 23 obiekty przyrodnicze na siedliskach bagiennych, o łącznej powierzchni 18,48 ha,
- 65 obiektów przyrodniczych na siedliskach ciepłolubnych dąbrów i widnych borów o łącznej powierzchni 91,52 ha.
Przeprowadzone zabiegi w pełni zapewniły powstrzymanie procesów zmniejszania się powierzchni oraz zaniku siedlisk przyrodniczych, jak i gatunków roślin stanowiących przedmioty działań ochronnych projektu. Dotyczy to wszystkich płatów siedlisk 91I0, 91D0 oraz stanowisk gatunków roślin z Załączników 2 i 5 Dyrektywy Siedliskowej uwzględnionych w projekcie. Zabiegi ochronne na wszystkich stanowiskach objętych wsparciem powstrzymały także pogarszanie się stanu siedlisk przyrodniczych i gatunków roślin. Świadczą o tym wskaźniki stanu siedlisk, lepsze w każdym przypadku na stanowiskach objętych działaniami ochronnymi w porównaniu do powierzchni kontrolnych, pozostawionych bez jakichkolwiek czynności, w szczególności wskaźniki bogactwa gatunkowego i stanu populacji gatunków charakterystycznych dla widnych lasów typu dąbrów świetlistych i in. świeżych siedlisk mineralnych.
Działania ochronne objęły siedliska i stanowiska 41 gatunków specjalnej troski, objętych ochroną prawną i/lub uznanych za zagrożone wyginięciem. Do najczęściej notowanych gatunków specjalnej troski należą miodownik melisowaty Melittis melissophyllum i naparstnica zwyczajna Digitalis grandiflora, które wystąpiły w 34 obiektach, czyli w ponad połowie z nich, a także lilia złotogłów Lilium martagon (49%) i wawrzynek wilcze łyko Daphne mezereum (45%). Kolejnych 14 gatunków notowano w 10–30% wydzieleń ochronnych: Aquilegia vulgaris, Arctostaphylos uva-ursi, Arnica montana, Chimaphila umbellata, Geranium sylvaticum, Goodyera repens, Helichrysum arenarium, Hierochloë australis, Lycopodium clavatum, Neottia nidus-avis, Platanthera chlorantha, Pulsatilla patens, Pyrola rotundifolia, Trifolium lupinaster. Oprócz powyższych, w lasach objętych ochroną czynną występowały 34 inne gatunki światło- i ciepłolubne bez specjalnego statusu formalno-prawnego. Wśród nich z ponad 50% frekwencją występowały: Anthericum ramosum, Campanula persicifolia, Carex montana, Clinopodium vulgare, Peucedanum oreoselinum, Polygonatum odoratum, Silene nutans, Trifolium alpestre, Vicia cassubica, a z ponad 25% także: Betonica officinalis, Galium boreale, Genista tinctoria, Geranium sanguineum, Lathyrus niger, Primula veris, Scorzonera humilis, Serratula tinctoria i Vincetoxicum hirundinaria.
Liczba stanowisk gatunków specjalnej troski, jak i pozostałych światło- i ciepłolubnych roślin rejestrowanych na powierzchniach objętych ochroną czynną systematycznie wzrastała w okresie 2018–2021. Notowana ogólna liczba stanowisk gatunków chronionych i zagrożonych zwiększyła się w tym okresie ze 197 do 347 (o 76%), a pozostałych – z 568 do 774 (o 36%). W 2021 r. średnio na każdym stanowisku obserwowanych było 5–6 gatunków specjalnej troski (początkowo 3) i blisko 12 innych o wysokich wymaganiach świetlnych i/lub cieplnych (początkowo ok. 9).
Wiele wskazuje na to, że ochrona czynna lasów w Puszczy Knyszyńskiej przeprowadzona w ramach projektu, podjęta została w ostatnim możliwym momencie. Bez zapewnienia dogodnych warunków świetlnych, cieplnych i osłabienia konkurencji zapewne wiele stanowisk i populacji zagrożonych wyginięciem i chronionych gatunków roślin nie przetrwałoby w kolejnych latach. Świadczy o tym zanik lub bardzo zły stan wielu obiektów przyrodniczych, na których obserwowano dość wysokie bogactwo gatunkowe leśnych roślin światłożądnych jeszcze w okresie 2008–2015, ale nie potwierdzono tego już w trakcie inwentaryzacji wykonanej w 2018 r. Trwałość populacji gatunków specjalnej troski, jak i uzyskanych efektów będzie zależała od najbliższych lat, od tego, w jakim stopniu uda się te rezultaty podtrzymać i wcielić w życie odpowiednie zasady ochrony ekosystemów leśnych.