Zakres projektu obejmuje zabiegi ochrony czynnej zmierzające do poprawy stanu:
- przesuszonych torfowisk z inicjalnymi, zastępczymi drzewostanami brzozowymi (głównie typu 91D0),
- widnych lasów mieszanych, w szczególności dąbrów świetlistych (typu 91I0, jak i ich zbiorowisk zastępczych, w tym zniekształconych postaci grądów miodownikowych)
- widnych sosnowych borów świeżych i borów mieszanych świeżych.
Zabiegi ochrony czynnej będą jednocześnie służyły polepszeniu warunków występowania roślin związanych z tymi siedliskami, a wymienionych w załącznikach II i V do Dyrektywy Siedliskowej:
- arniki górskiej Arnica montana,
- dzwonecznika wonnego Adenophora liliifolia (którego jedyne stanowisko w woj. podlaskim znajduje się w Ostoi Knyszyńskiej),
- leńca bezpodkwiatkowego Thesium ebracteum,
- sasanki otwartej Pulsatilla patens,
- widlicza cyprysowego Diphasiastrum tristachym.
Rośliny te mają charakter gatunków osłonowych („parasolowych”), ponieważ ich ochrona pociąga za sobą poprawę warunków występowania wszystkich światłożądnych i ciepłolubnych organizmów, w tym wielu innych gatunków roślin pod ochroną prawną, m.in. goździka piaskowego, groszka wschodniokarpackiego, gruszyczek, lilii złotogłów, miodownika melisowatego, naparstnicy zwyczajnej, orlika pospolitego, podkolanów, podkolanów, pomocnika baldaszkowatego, turówki leśnej.