Celem projektu jest poprawa stanu siedlisk niektórych typów torfowisk oraz widnych lasów, a także poprawa stanu i wzmocnienie populacji zagrożonych i chronionych prawnie gatunków roślin związanych z tego typu siedliskami w Ostoi Knyszyńskiej. Projekt przewiduje stosowanie metod ochrony czynnej w celu poprawy uwodnienia oraz warunków mikroklimatycznych siedlisk, w szczególności świetlnych i cieplnych w podokapowej warstwie runa, a także ograniczenie konkurencyjnego oddziaływania ze strony ekspansywnych bylin, krzewinek, krzewów i drzew.
W ostatnich dekadach obserwowane są pogłębiające się procesy przemian ekosystemów i siedlisk leśnych, o złożonej i zróżnicowanej genezie. Przejawiają się one m.in. spadkiem liczebności i zanikiem populacji wielu rodzimych gatunków roślin, w tym całych ich grup siedliskowych i ekologicznych. Zanik populacji zainicjowany w skali lokalnej bardzo często obejmuje z czasem rozległe regiony biogeograficzne i skutkuje fragmentacją oraz regresją zasięgów gatunków roślin na całym obszarze ich pierwotnego występowania. Procesy te potęgowane są przez nasilające się zmiany klimatyczne i w pierwszym rzędzie dotykają populacji i obszarów kresowych, położonych przy granicach jednostek geograficznych najwyżej rangi, gdzie wpływy klimatu są bardzo wyraźne. Jest to szczególnie widoczne na obszarze północno-wschodniej Polski, w regionie położonym na styku wschodniej i zachodniej Europy, gdzie kres swego zasięgu geograficznego osiąga wiele gatunków związanych z wpływami klimatu kontynentalnego i subborealnego.
Przeobrażenia siedlisk leśnych doprowadziły w całej Polsce do drastycznego zmniejszenia się liczebności gatunków światłożądnych oraz areału dostępnych dla nich siedlisk. Znajduje to wyraz w wysokim stopniu ich zagrożenia. Przemiany siedlisk leśnych mają podłoże zarówno naturalne, jak i antropogeniczne. Są one szczególnie zaawansowane w przypadku siedlisk kształtowanych przez dawne formy użytkowania lasu, takie jak wypas i bartnictwo, które zanikały od schyłku XIX w. do drugiej połowy wieku XX. W dużej mierze przemiany siedlisk związane są z procesami dynamiki lasu, zwłaszcza sukcesji wtórnej i regeneracji lasów uwolnionych spod długotrwałej presji antropogenicznej w historycznych jej formach. Negatywne przejawy regeneracji i sukcesji wtórnej najsilniej dotknęły w Polsce ciepłolubnych dąbrów. Na wielką skalę zanikają także siedliska widnych borów sosnowych i mieszanych, ulegające zacienianiu i eutrofizacji, a w konsekwencji – drastycznemu zubożeniu bogactwa gatunkowego roślin. Jedną z najważniejszych przyczyn przemian siedlisk mokradłowych jest z kolei obniżanie się poziomu wód gruntowych w wyniku dawnych regulacji rzek i melioracji, przesychanie i mineralizacja torfowisk, a po części także ich eutrofizacja. W takich warunkach, w wielu miejscach negatywne procesy pogłębia ekspansja niektórych krzewów i drzew: wierzb i brzóz.
Negatywne przemiany widnych lasów, zwłaszcza dąbrów świetlistych oraz sosnowych borów świeżych przejawiają się wzrostem zwarcia podszytu i dolnego piętra drzewostanu, zwłaszcza zwiększającym się udziałem graba i świerka w dolnych warstwach lasu, wzrostem zacienienia dna lasu, a miejscami także znacznym zwiększeniem pokrycia silnie konkurencyjnych bylin i krzewinek: maliny Rubus idaeus, orlicy Pteridium aquilinum, trzcinnika Calamagrostis spp. i borówki czernicy Vaccinium myrtillus. Niedobór światła, konkurencja i zmiany właściwości siedlisk wywierają negatywny wpływ na populacje światłożądnych gatunków i szybki zanik ich stanowisk. W borach świeżych obserwuje się brak (lub słabe) odnowienie sosny, wkraczanie i wzrost udziału świerka, a także dębu, leszczyny, a nawet graba, wzrost zwarcia drzewostanu i podszytu, w runie – wzrost pokrycia borówki czernicy, eutrofizację, silny wzrost ocienienia. Na siedliskach dąbrów świetlistych i w grądach miodownikowych – wzrost pokrycia graba i świerka w dolnych piętrach, słabe odnowienie dębu, wzrost zacienienia, w konsekwencji zanik światłożądnych gatunków i przekształcanie się w inne zbiorowiska leśne, o zubożałym składzie gatunkowym. Siedliska bagienne dotknięte są obniżaniem się poziomu wód gruntowych, zahamowaniem procesów torfotwórczych, procesami murszowymi, eutrofizacją, a w miejscach zaburzonych dawnym dawnym użytkowaniu rębnym – wzrostem udziału brzozy, gatunku o wysokich zdolnościach transpiracyjnych, powodującego przesychanie podłoża.
Skuteczna ochrona tych siedlisk i związanych z nimi gatunków roślin wymaga zahamowania lub spowolnienia tych negatywnych procesów przez zabiegi czynne. Projekt przewiduje:
- usuwanie wtórnych, młodych drzewostanów brzozowych na siedliskach bagiennych, a następnie usuwanie odrośli i podrostu brzozy,
- usuwanie podszytu i ekspansywnych bylin na siedliskach ciepłolubnych lasów mieszanych i widnych borów, połączone z wynoszeniem i wywozem biomasy, ponawiane w kolejnych sezonach,
- punktowe odsłanianie powierzchni gleby spod nadkładowej warstwy ściółki w celu wspomagania skutecznego obsiewu i kiełkowania światłożądnych roślin.